Aminokisline delimo glede na medsebojno lego aminske in karboksilne skupine v več skupin, ki jih označujemo z grškimi črkami. Najbolj pomembne za življenje so alfa-aminokisline, ki imajo na isti ogljikov atom vezani obe funkcionalni skupini. Okoli ogljikovega atoma, na katerega sta vezani —COOH in —NH₂, je zgradba tetraedrična. Vse proteinogene (gradijo proteine) aminokisline, razen glicina, so kiralne. Nastopajo v obliki L in D, ki se razlikujeta v sučnosti in biološki aktivnosti. Proteinogene aminokisline nastopajo v L-obliki. Oznaka pomeni, da imajo v skladu z dogovorom aminsko skupino na levi strani, karboksilno skupino pa na desni strani. Aminokisline so amfoterne, reagirajo lahko kot kisline ali baze. Ionska oblika molekule aminokisline je odvisna od pH okolice. Za aminokisline so značilne reakcije nukleofilne adicije, pri katerih se na delno pozitiven ogljikov atom karbonilne skupine veže dušikov atom aminske skupine. Nastane peptidna vez, s katero so povezane aminokisline v peptidih in proteinih.